تهدف الهيئة العامة للمنشآت الصغيرة والمتوسطة إلى تنظيم قطاع المنشآت في المملكة ودعمه وتنميته ورعايته، وفقاً لأفضل الممارسات العالمية؛ لرفع إنتاجية تلك المنشآت وزيادة مساهمتها في الناتج المحلي الإجمالي وزيادة الطاقة الاستيعابية للاقتصاد السعودي بما يؤدي إلى توليد الوظائف وإيجاد فرص عمل للقوى العاملة الوطنية وتوطين التقنية
كما تسعى أن تكون الهيئة محركاً اساسياً للتنمية الاقتصادية في المملكة العربية السعودية، و ممكن لتحقيق رؤية المملكة 2030 وذلك عن طريق تطوير و دعم المنشآت الصغيرة و المتوسطة لتمكينها من الازدهار عبر التعاون مع شركائها الاستراتيجيين في القطاعين العام و الخاص و القطاع غير الربحي محلياً و دولياً