تأسست شركة الخطوط التونسية يوم 21 أكتوبر 1948 وكان قد أطلق عليها آنذاك اسم"TUNIS AIR " إلى حدود سنة 1990.ويُمثل تاريخ تأسيس الخطوط التونسية موعد صدور أول أمر يتعلق بالمصادقة على الأنظمة الأساسية للشركة وذلك برأس مال قدره 60 مليون فرنك فرنسي ساهم فيه كل من الحكومة التونسية وشركة الخطوط الفرنسية. وقد كان مقر الخطوط الجوية التونسية في نهج أثينا بتونس العاصمة. في عام 1999، كانت الخطوط التونسية مرشحة للدخول في سكاي تيم، ثاني تحالف في السوق الجوية، والذي يتضمن الخطوط الجوية الفرنسية-الخطوط الجوية الملكية الهولندية وخطوط دلتا الجوية. وأخيرا قررت الشركة التونسية نتيجة بعض الاضطرابات الانضمام إلي تحالف أرابيسك. والخطوط التونسية عضو منذ نوفمبر 2006 في تحالف أرابيسك وهو تحالف شركات الطيران العربي يتكون من تسع شركات طيران وطنية.