تهدف الهيئة الى حماية الصحة العامة وتعزيزها، والوقاية من الإصابة بالأمراض، ورفع الجاهزية العامة للاستجابة لطوارئ الصحة العامة من خلال تنظيم الجهود بين الجهات ذات العلاقة.