تلخص مهمة مديرية الغذاء في النهوض بمستوى الرقابة الصحية على الغذاء إلى أعلى مستوى ممكن ضمن الإمكانيات المتاحة من خلال التخطيط الجيد لبرامج الرقابة الصحية على الأغذية والإشراف الفعال على هذه البرامج وإدارة الإمكانيات المتاحة بكفاءة و فاعلية.
ان المفاهيم الحديثة التي دخلت الى ميدان الرقابة على الغذاء و الخبرات المتراكمة في هذا المجال تجعل من التطوير ضرورة لا غنى عنها، و من هذا المنطلق قامت مديرية الرقابة على الغذاء بوضع تصور جديد لهيكليتها الأدارية و مهامها، و قد اقرت الهيكلية الجديدة من قبل مجلس ادارة المؤسسة العامة للغذاء و الدواء بتاريخ 23/2/2006 و تتم تفعيل الهيكلية الجديدة اعتباراً من حزيران 2006.