تم إنشاء المركز الوطني للتصديق الرقمي وفقا لقرار اللجنة الدائمة للتجارة الإلكترونية بتاريخ 10/1/1422هـ والذي أناط مهمة إنشاء وتشغيل البنية التحتية للمفاتيح العامة لمدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية، وتمت الموافقة السامية على ذلك بتاريخ 17/5/1422 هـ بموجب الأمر السامي رقم7/ب/9378، وقد تم نقل مهام المركز الوطني للتصديق الرقمي من مدينة الملك عبدالعزيز للعلوم والتقنية إلى وزارة الاتصالات وتقنية المعلومات في مطلع عام 1426هـ كما نصت على ذلك المادة السادسة عشرة من الفصل السادس لنظام التعاملات الإلكترونية.
ويتمثل دور المركز الوطني للتصديق الرقمي في تقديم منظومة متكاملة لإدارة البنية التحتية للمفاتيح العامة والتي تقوم عليها كافة الأعمال الإلكترونية كالتجارة الإلكترونية والحكومة الإلكترونية. وتمكّن هذه المنظومة المتعاملين عن طريق شبكة الإنترنت بمختلف فئاتهم (حكومة، مواطنون، أعمال) من إجراء مختلف العمليات الإلكترونية بسرية وموثوقية وسلامة تامة.